Con el propósito de ofrecer una formación académica de calidad, especializada, flexible y diversa en actividades académicas, la MCOB cuenta la organización de sus estudios en cuatro campos de conocimiento. Los cuatro campos que sustentan este Programa son Biotecnología Agropecuaria, Alimentaria, de Salud y Medio Ambiente.
Este campo está dirigido al mejoramiento genético en vegetales para incrementar la producción y la calidad de los productos agrícolas por unidad de superficie, en el menor tiempo, con el mínimo esfuerzo y al menor costo posible. Con el mejoramiento genético de las plantas se espera contribuir sustancialmente a una mayor productividad agrícola. En relación al control de enfermedades en vegetales es fundamental resaltar que uno de los requerimientos más importantes para el manejo adecuado de una enfermedad es la identificación correcta del agente fitopatógeno.
Campo que estudia Bioprocesos y Alimentos Funcionales cuyo objetivo consiste en estudiar el efecto de diversos bioprocesamientos (Nixtamalización, Extrusión, Tostado, Germinación, Fermentación en Estado Sólido, Hidrólisis Enzimática) sobre valor nutricional, actividad antioxidante, propiedades nutracéuticas (antiinflamatoria, antihipertensiva, antidiabética, anti carcinogénica, antitumoral, antiateresclerótica) de alimentos de origen vegetal, principalmente granos (cereales, leguminosas, pseudocereales, oleaginosas), aunque también se incluyen vegetales representativos de nuestra biodiversidad (aguama, papache, uvalama, frutillas silvestres, guamúchil, chile), algunos en vías de extinción y otros que se siembran solo para autoconsumo en zonas serranas y/o semidesérticas (maíces pigmentados, frijol tépari).
Este campo de conocimiento se fundamenta en la necesidad de estudiar los mecanismos y funciones relacionadas con la salud, de las bases teóricas de la Biología Celular, Ingeniería Genética, Bioquímica y la Citoquímica constituye un complemento valioso de las técnicas clásicas utilizadas para el estudio de la Morfología, Bioquímica Celular y Biología Molecular. El desarrollo de la Genómica y la Proteómica, así como la aplicación de la Biotecnología a la Medicina, permite identificar los genes que intervienen en las enfermedades con más prevalencia regional y brinda la oportunidad de desarrollar fármacos que compensen la actividad de los genes alterados en cada patología. Las cuatro áreas de investigación sobre salud humana en las que la Biotecnología tiene un mayor impacto son las relativas a (1) Diagnóstico Molecular y Pronóstico de Enfermedades, (2) Desarrollo de Fármacos, (3) Terapia Celular e Ingeniería de Tejidos y (4) Terapia Génica y Vacunas Génicas
Este campo está enfocado con el desarrollo, uso y regulación de sistemas biológicos para la remediación de entornos contaminados como tierra, aire, agua y para procesos amigables con el entorno natural de las tecnologías verdes y el desarrollo sustentable. Las investigaciones se enfocan al desarrollo de fuentes no convencionales de biocombustibles, digestión anaerobia para el tratamiento de residuos agroindustriales, decoloración biológica de efluentes, tratamiento aerobio y biorremediación de aguas y suelos impactados con hidrocarburos.